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月の世界に迫る新しい驚異——
月の聖杯を巡る戦いの中で新しく生を受けたアルテラと共に
争いが平定した霊子虚構世界『SE.RA.PH』の領地を散策していたマスターは
突如出現した攻性プログラムの群れに遭遇してしまう。
平和が訪れ出現しなくなったはずの攻性プログラムによる
襲撃に戸惑うマスターたちだったが
そこに、見知らぬサーヴァント——シャルルマーニュが現れる
「ここは、颯爽と斬り捨てるってのがカッコイイよな！」
シャルルマーニュの助力によって危機を乗り越えたマスターだったが
傍にいたはずの幼いアルテラは姿をくらませてしまっていた——

あなたの選択で変化していくストーリー
メインストーリーでは侵攻ルートの決定や優先事項の決定など
マスターとして選択をしなければいけない場面が待ち受ける。
時には重要な判断を迫られることも……
マスターとして己の信じる決断を下そう！